原创： omicsPie team 组学派
引言
脂质是细胞膜最主要的成分，具有许多重要的生理功能。对脂质的系统分析（脂质组学）近年来也是发展迅速。然而，由于脂质同分异构体众多，如何对脂质进行大规模地准确鉴定仍然是当前 难点之一。目前最常用的脂质鉴定工具（数据库）包括：LipidMaps, LipidBlast, Lipid Data Analyzer，以及商用的软件SimLipid等等。
那么还有没有更简单好用，经济免费的工具呢？
今天，小编要给大家介绍一个新的利器，LipidIMMS Analyzer（重要提示：后文附带详细的使用说明）。
这项工作最近发表在Bioinformatics杂志上 [1] 。通讯作者是中科院上海有机化学研究所-生物与化学交叉研究中心的朱正江教授。
相比于传统的工具，该软件能够结合多个维度的信息，包括一级的精确质量（m/z），保留时间（retention time, RT），碰撞截面积（collision cross-section, CCS）以及二级碎片谱图（MS/MS），从而 次实现了全维度高精度的脂质鉴定。
图一：基于全维度信息的脂质精确鉴定
与此对应，在该软件当中还内嵌了一个超级大的脂质数据库，包含了4个大类，25个小类，超过26万个脂质结构，每个脂质均含有四个维度的信息（m/z, RT, CCS, MS/MS）。在该数据库中，碰撞截面积和二级碎片谱图的 预测主要依赖于该课题组早前开发的 LipidCCS [2] 和 LipidAnalyzer [3] 工具。此外，作者还提供了HILIC柱和RP柱上的两种不同的保留时间可以供用户个性化的使用。
那么问题来了，该工具是否只能支持离子淌度质谱呢？当然不是，实际上该工具可以支持全平台数据的脂质鉴定，不管是哪家的仪器，不管是离子淌度质谱（IM-MS），常规的LC-MS，甚至是Direct infusion - MS的数据，它通通能够处理。
既然这么强大，那么就来摆事实讲道理，实际操练一下吧。
图二：基于全维度信息的脂质精确鉴定
总的来说，完成整个鉴定的过程只需要七步，而且每一步都可以进行交互式的鉴定，具体的数据格式和准备还请大家参考网站上所提供的教程。那么我们一步一步来简单了解一下吧~准备好了吗？？
[1]. Z. Zhou, X. Shen, X. Chen, J. Tu, X. Xiong, and Z.-J. Zhu*, Bioinformatics, 2018, In Press.
[2]. Z. Zhou, J. Tu, X. Xiong, X. Shen, and Z.-J. Zhu*, Anal. Chem., 2017, 89, 9559–9566.
[3]. J. Tu, Y. Yin, M. Xu, R. Wang, and Z.-J. Zhu*, Metabolomics, 2018,14: 5.
卖萌分割线LipidIMMS Analyzer使用的简明教程
网站地址：http://imms.zhulab.cn/LipidIMMS/
(建议在PC端使用)
LipidIMMS Analyzer
LipidIMMS.png
0数据准备
Peak table：csv文件，前三列分别为 “mz”, “rt”, “ccs”，后面为每个样本的峰面积。
MS/MS文件：可以支持MGF，CEF，MSP等，具体的导出方法请参考教程。
RT calibration table: csv文件，用于保留时间的校正。
注意：具体的数据格式和准备，还请大家参考LipidIMMS网站上所提供的教程。
1步骤一：上传数据
填写项目的名称，选择离子化的正负模式，仪器平台（比如Agilent），上传peak table（csv文件）和MSMS文件（MGF/CEF/MSP）即可，选择“Load data”。右边的结果展示栏中会展示上传的数据信息，以及绘制的peak profile图片。点击“Next”可以进入到下一步。在这里小编直接使用网站上所提供的demo数据。注意，如果是非离子淌度的数据，只需要把CCS这一列空着就好。
2步骤二：数据库加载
选择我们感兴趣的脂质类别，点击“Submit”，进行数据库的加载。这里，小编直接加载了所有的类别。
3步骤三：保留时间校正
选择色谱柱类型，比如小编选择的反相柱（reverse phase）。上传之前准备好的RT calibration table即可，点击“submit”。右边就会显示RT校正的效果啦。注意：这一步是后面进行RT match的前提，如果不需要进行RT match，可以直接选择“Next”。
4步骤四：m/z, RT, CCS匹配
大家可以根据自己的实验数据和需求，首先选择和调整匹配的方式和参数。比如我不希望进行保留时间匹配，那么直接勾掉“RT match”就可以，这样匹配的时候就不会去匹配RT，设置的RT match的参数也不会被使用。同理，比如我的数据是利用LC-MS采的，没有CCS值，那么就可以直接去掉“CCS match”，然后进行匹配。选择好匹配条件后，点击“Submit”即可。对于匹配过程中，每个参数的具体意义，大家还可以点击右边的感叹号小图标进行查看哦。
5步骤五：MS/MS匹配
第五步是MS/MS的匹配。与上面相同，如果你不希望进行MS/MS匹配，可以直接去除“MS/MS Match”前面的勾，这样就不会进行MS/MS的匹配啦。设置好匹配的参数后，点击“Submit”就会进行匹配啦。匹配完成后，会在右边的结果展示表格中展示出MS/MS匹配的具体结果。
6步骤六：多维度得分整合
在完成前面的步骤之后，我们就可以进入得分整合的阶段。我们需要根据前面选择的匹配条件调整每个维度得分的权重，比如我们前面没有进行CCS 匹配，那么就需要将“CCS score weight”设为0。注意，三个维度得分权重的加和需要等于1。完成参数设置后，点击“Submit”即可，右边就会展示最终的鉴定结果。
7步骤七：结果展示
在结果展示界面中，包含了三个选项卡，“Summary”,“Result table”和“Detail”。
在Summary当中，会对数据处理的情况进行汇总。比如小编点点鼠标，就轻轻松松就鉴定到了226个脂质。同时，点击“Download result”就可以下载所有的鉴定结果，这些都会添加到“result table.csv”文件当中哦。
同时我们还可以在网站上“Result table”选项卡中，对鉴定结果进行浏览。此外，我们还可以选中每一个鉴定结果，并在“Detail”选项卡里去看具体的鉴定结果。在这里，小编选中 个feature的鉴定结果，我们可以进一步点击“Detail”选项卡，这样我们可以看到更进一步的match结果。
而在“Detail”选项卡，我们还可以在选择任何一个candidate，点击屏幕下方的“Show MS/MS plot”选项卡来查看他们的MS/MS匹配结果。比如，小编选中了 个candidate, PC(16:0/18:2)，点击“Show MS/MS plot”，我们就可以更进一步地手动去核对我们的鉴定结果啦。
8结语：
关于LipidIMMS Analyzer使用的新技能，小编就介绍到这里啦。LipidIMMS有着强大的功能，等着大家去细细探索。衷心地希望今天介绍的这个工具能够对大家的科研有所帮助，也祝大家的科研越来越好！
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